海上戰鬥

衝撞

用船首撞擊另一艘船，傷害隨接近速度的平方增加，垂直撞上對方側舷時最重。自己的船也會承受部分傷害。三列槳座戰船的青銅撞角專為此設計：全速划槳時，一擊就能撞毀柯克船；衝撞加速（全速划槳時按空白鍵）威力更大。擦碰和低速輕撞傷害很小。

其他破壞船體的方法

船隻屬於建築結構：投石機、弩砲或巨型投石機的彈藥命中甲板後，會對船體造成完整的對建築傷害。武器和法術只能造成少量傷害。

鉤索與登船

從甲板投出的抓鉤（在木造碼頭製造）會鉤住15公尺內最近船隻的欄桿，前提是兩船沒有快速交錯。繩索會不斷收緊，直到兩船並排靠攏；綁在一起時，兩船都無法航行。按F跨到對方船上，方式與從棧橋登船相同。一艘船最多可同時連接四條繩索。

甲板上的弩砲能把抓鉤射得更遠：操作弩砲時按1，用隨身攜帶的抓鉤裝填，下一發命中船隻後會鉤住它，而非破壞船體（最遠60公尺），隨後絞盤會收緊繩索。

要脫離，站到繩索任一端並按F：割斷需要三秒，走開會中止。兩船被拉得太遠時，繩索也會斷裂；船沉沒時，繩索會隨之沉下。

甲板上的攻城器械

站在船隻甲板上使用弩砲或投石機套件，器械就會架設在甲板的空置機位上，此後隨船航行。操作和發射方式與陸地相同：弩砲在支架上轉向，投石機在機位上旋轉（A D）。彈藥不會撞到己方船體。單桅帆船和卡拉維爾帆船可搭載一台弩砲；克拉克帆船和三列槳座戰船可搭載一台投石機和一台弩砲；柯克船沒有適合搭載的甲板。船上有器械時，必須先將其收回套件才能系泊；若船隻損失或沉沒，器械也會隨之沉入海中。

沉沒

船體損毀就會沉沒：甲板在半分鐘內沒入水中，所有船員都會落水游泳。在淺水中，船會沉到海底，桅桿露出水面，作為沉船保留半小時；在深水中，船會徹底消失。船隻下水時船契就已消耗，沒有保險。

殘骸與打撈

船艙中的所有貨物，以及部分木材、鐵和帆布，都會在沉沒處浮成殘骸：木桶、木箱和木板隨浪漂浮一小時。游過去，或駕船靠近，按F即可打撈。任何人都能打撈：商船的全部貨物都留給了擊沉它的人。擊沉商船或別人駕駛的船可獲得經驗；擊沉自己下水的空船則毫無收益。